MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius Tc-4-1 chromosome

Total Repeats: 68347

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017167	TGA	2	6	37	42	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384133788
2	NC_017167	CCTC	2	8	235	242	0 %	25 %	0 %	75 %	384133788
3	NC_017167	TGA	3	9	253	261	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384133788
4	NC_017167	AGA	2	6	299	304	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384133788
5	NC_017167	TGAAG	2	10	305	314	40 %	20 %	40 %	0 %	384133788
6	NC_017167	CCG	2	6	319	324	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384133788
7	NC_017167	GC	4	8	335	342	0 %	0 %	50 %	50 %	384133788
8	NC_017167	CTGC	2	8	442	449	0 %	25 %	25 %	50 %	384133788
9	NC_017167	GGC	2	6	501	506	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384133788
10	NC_017167	ACGA	2	8	606	613	50 %	0 %	25 %	25 %	384133788
11	NC_017167	CGC	2	6	620	625	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384133788
12	NC_017167	GAC	2	6	690	695	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384133788
13	NC_017167	CAA	2	6	710	715	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384133788
14	NC_017167	AGG	2	6	727	732	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384133788
15	NC_017167	TTC	2	6	735	740	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384133788
16	NC_017167	TCGC	2	8	833	840	0 %	25 %	25 %	50 %	384133788
17	NC_017167	TCA	2	6	856	861	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384133788
18	NC_017167	ACC	2	6	872	877	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384133788
19	NC_017167	CCAA	2	8	964	971	50 %	0 %	0 %	50 %	384133788
20	NC_017167	GC	3	6	1000	1005	0 %	0 %	50 %	50 %	384133788
21	NC_017167	GAG	2	6	1065	1070	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384133788
22	NC_017167	CG	3	6	1104	1109	0 %	0 %	50 %	50 %	384133788
23	NC_017167	GTA	2	6	1134	1139	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384133788
24	NC_017167	CGA	2	6	1163	1168	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384133788
25	NC_017167	AAG	2	6	1179	1184	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384133788
26	NC_017167	CG	3	6	1231	1236	0 %	0 %	50 %	50 %	384133788
27	NC_017167	GACC	2	8	1241	1248	25 %	0 %	25 %	50 %	384133788
28	NC_017167	ACG	2	6	1293	1298	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384133788
29	NC_017167	ATG	2	6	1332	1337	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384133788
30	NC_017167	GAC	2	6	1341	1346	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384133788
31	NC_017167	GC	3	6	1352	1357	0 %	0 %	50 %	50 %	384133788
32	NC_017167	GCG	2	6	1478	1483	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384133789
33	NC_017167	TGATCA	2	12	1516	1527	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	384133789
34	NC_017167	CGA	2	6	1528	1533	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384133789
35	NC_017167	TCCT	2	8	1543	1550	0 %	50 %	0 %	50 %	384133789
36	NC_017167	CTG	2	6	1559	1564	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384133789
37	NC_017167	GCT	2	6	1597	1602	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_017167	AGGGA	2	10	1609	1618	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017167	TCG	2	6	1751	1756	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384133790
40	NC_017167	CGGT	2	8	1799	1806	0 %	25 %	50 %	25 %	384133790
41	NC_017167	GAG	2	6	1981	1986	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384133790
42	NC_017167	GGC	2	6	2048	2053	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384133790
43	NC_017167	CCGG	2	8	2094	2101	0 %	0 %	50 %	50 %	384133790
44	NC_017167	GGT	2	6	2214	2219	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384133790
45	NC_017167	GGA	2	6	2262	2267	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384133790
46	NC_017167	CCT	2	6	2343	2348	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384133790
47	NC_017167	CTCG	2	8	2384	2391	0 %	25 %	25 %	50 %	384133790
48	NC_017167	GC	3	6	2392	2397	0 %	0 %	50 %	50 %	384133790
49	NC_017167	GGT	2	6	2403	2408	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384133790
50	NC_017167	TTC	2	6	2426	2431	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384133790
51	NC_017167	ATCG	2	8	2437	2444	25 %	25 %	25 %	25 %	384133790
52	NC_017167	CGC	2	6	2445	2450	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384133790
53	NC_017167	AAGG	2	8	2572	2579	50 %	0 %	50 %	0 %	384133790
54	NC_017167	GC	3	6	2628	2633	0 %	0 %	50 %	50 %	384133790
55	NC_017167	CGC	2	6	2640	2645	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384133790
56	NC_017167	GCG	2	6	2699	2704	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384133790
57	NC_017167	TGC	2	6	2714	2719	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384133790
58	NC_017167	GAG	2	6	2767	2772	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384133791
59	NC_017167	CACAT	2	10	2775	2784	40 %	20 %	0 %	40 %	384133791
60	NC_017167	A	6	6	2798	2803	100 %	0 %	0 %	0 %	384133791
61	NC_017167	GCG	2	6	2824	2829	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384133791
62	NC_017167	GCGCGT	2	12	2855	2866	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	384133791
63	NC_017167	CGCGG	2	10	2884	2893	0 %	0 %	60 %	40 %	384133791
64	NC_017167	GCGACG	2	12	2905	2916	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	384133791
65	NC_017167	GTG	2	6	2946	2951	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384133791
66	NC_017167	TCG	2	6	3044	3049	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384133792
67	NC_017167	TGC	2	6	3089	3094	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384133792
68	NC_017167	CA	3	6	3113	3118	50 %	0 %	0 %	50 %	384133792
69	NC_017167	CG	4	8	3160	3167	0 %	0 %	50 %	50 %	384133792
70	NC_017167	GGT	2	6	3297	3302	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384133792
71	NC_017167	GGA	2	6	3315	3320	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384133792
72	NC_017167	CG	3	6	3344	3349	0 %	0 %	50 %	50 %	384133792
73	NC_017167	CAC	2	6	3403	3408	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384133792
74	NC_017167	CG	3	6	3424	3429	0 %	0 %	50 %	50 %	384133792
75	NC_017167	GAC	3	9	3475	3483	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384133792
76	NC_017167	CG	3	6	3555	3560	0 %	0 %	50 %	50 %	384133792
77	NC_017167	CGC	2	6	3573	3578	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384133792
78	NC_017167	GAG	2	6	3610	3615	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384133792
79	NC_017167	GC	4	8	3693	3700	0 %	0 %	50 %	50 %	384133792
80	NC_017167	CAC	2	6	3735	3740	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384133792
81	NC_017167	GAC	2	6	3760	3765	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384133792
82	NC_017167	TGC	2	6	3767	3772	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384133792
83	NC_017167	CGG	2	6	3800	3805	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384133792
84	NC_017167	CAG	2	6	3817	3822	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384133792
85	NC_017167	GAG	2	6	3871	3876	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384133792
86	NC_017167	GTT	2	6	3894	3899	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384133792
87	NC_017167	CGA	2	6	3924	3929	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384133792
88	NC_017167	TCA	2	6	3980	3985	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384133792
89	NC_017167	GAA	2	6	4063	4068	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384133792
90	NC_017167	TGT	2	6	4127	4132	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017167	CTT	2	6	4151	4156	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384133793
92	NC_017167	ACG	2	6	4184	4189	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384133793
93	NC_017167	CGA	2	6	4256	4261	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384133793
94	NC_017167	CAC	2	6	4276	4281	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384133793
95	NC_017167	TTG	2	6	4295	4300	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384133793
96	NC_017167	GTG	2	6	4345	4350	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384133793
97	NC_017167	ACA	2	6	4364	4369	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384133793
98	NC_017167	GGC	2	6	4468	4473	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384133793
99	NC_017167	GTG	2	6	4531	4536	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384133793
100	NC_017167	CGC	2	6	4613	4618	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384133793
101	NC_017167	ACG	2	6	4642	4647	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384133793
102	NC_017167	GC	3	6	4806	4811	0 %	0 %	50 %	50 %	384133793
103	NC_017167	ACG	2	6	4823	4828	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384133793
104	NC_017167	GCTG	2	8	4850	4857	0 %	25 %	50 %	25 %	384133793
105	NC_017167	TGA	2	6	4881	4886	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384133793
106	NC_017167	GAC	2	6	4912	4917	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384133793
107	NC_017167	ACG	2	6	4946	4951	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384133793
108	NC_017167	AAC	2	6	4981	4986	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384133793
109	NC_017167	CGG	2	6	4994	4999	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384133793
110	NC_017167	GCAC	2	8	5006	5013	25 %	0 %	25 %	50 %	384133793
111	NC_017167	CG	3	6	5039	5044	0 %	0 %	50 %	50 %	384133793
112	NC_017167	CTT	2	6	5073	5078	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384133793
113	NC_017167	ACA	2	6	5090	5095	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384133793
114	NC_017167	CGA	2	6	5106	5111	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384133793
115	NC_017167	CCG	2	6	5129	5134	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384133793
116	NC_017167	TCG	2	6	5213	5218	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384133793
117	NC_017167	CG	3	6	5271	5276	0 %	0 %	50 %	50 %	384133793
118	NC_017167	GCG	2	6	5302	5307	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384133793
119	NC_017167	GC	3	6	5311	5316	0 %	0 %	50 %	50 %	384133793
120	NC_017167	GGC	2	6	5319	5324	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384133793
121	NC_017167	GC	5	10	5328	5337	0 %	0 %	50 %	50 %	384133793
122	NC_017167	GCA	2	6	5348	5353	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384133793
123	NC_017167	AGA	2	6	5354	5359	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384133793
124	NC_017167	TCG	2	6	5432	5437	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384133793
125	NC_017167	ATC	2	6	5515	5520	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384133793
126	NC_017167	GAG	2	6	5560	5565	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384133793
127	NC_017167	CAT	2	6	5574	5579	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384133793
128	NC_017167	CGA	2	6	5604	5609	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384133793
129	NC_017167	TCA	2	6	5645	5650	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384133793
130	NC_017167	ACG	2	6	5666	5671	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384133793
131	NC_017167	CTACAT	2	12	5739	5750	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384133793
132	NC_017167	GTG	2	6	5788	5793	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384133793
133	NC_017167	GAC	2	6	5910	5915	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384133793
134	NC_017167	GCT	2	6	5937	5942	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384133793
135	NC_017167	GGA	2	6	5955	5960	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384133793
136	NC_017167	CGG	2	6	6016	6021	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384133793
137	NC_017167	CG	3	6	6039	6044	0 %	0 %	50 %	50 %	384133793
138	NC_017167	AC	3	6	6075	6080	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
139	NC_017167	GCAT	2	8	6119	6126	25 %	25 %	25 %	25 %	384133794
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144	NC_017167	TCG	2	6	6326	6331	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384133794
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249	NC_017167	GGC	2	6	10758	10763	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
250	NC_017167	GCG	2	6	10806	10811	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
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253	NC_017167	GA	3	6	10938	10943	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
254	NC_017167	CCA	2	6	10983	10988	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
255	NC_017167	CGA	2	6	10992	10997	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
256	NC_017167	GCA	2	6	11066	11071	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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258	NC_017167	GAA	2	6	11125	11130	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
259	NC_017167	CAG	2	6	11235	11240	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
260	NC_017167	CTTGA	2	10	11362	11371	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
261	NC_017167	GGA	2	6	11426	11431	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
262	NC_017167	TGAC	2	8	11463	11470	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
263	NC_017167	G	6	6	11551	11556	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
264	NC_017167	AC	3	6	11557	11562	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
265	NC_017167	GAA	2	6	11687	11692	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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267	NC_017167	GGT	2	6	11761	11766	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
268	NC_017167	GTC	2	6	11775	11780	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
269	NC_017167	TCGTG	2	10	11784	11793	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
270	NC_017167	GGA	2	6	11888	11893	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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273	NC_017167	AC	3	6	12108	12113	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
274	NC_017167	CAC	2	6	12123	12128	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
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276	NC_017167	GAT	2	6	12197	12202	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
277	NC_017167	CCT	2	6	12253	12258	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
278	NC_017167	G	6	6	12290	12295	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
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281	NC_017167	GGA	2	6	12334	12339	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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402	NC_017167	CCG	2	6	19005	19010	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384133802
403	NC_017167	CG	3	6	19019	19024	0 %	0 %	50 %	50 %	384133802
404	NC_017167	CGT	2	6	19116	19121	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384133802
405	NC_017167	GAC	2	6	19139	19144	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384133802
406	NC_017167	CAA	2	6	19242	19247	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384133803
407	NC_017167	GAA	2	6	19277	19282	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384133803
408	NC_017167	GCT	2	6	19307	19312	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384133803
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410	NC_017167	AAG	2	6	19401	19406	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384133803
411	NC_017167	CGAG	2	8	19423	19430	25 %	0 %	50 %	25 %	384133803
412	NC_017167	CG	3	6	19436	19441	0 %	0 %	50 %	50 %	384133803
413	NC_017167	GAC	2	6	19476	19481	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384133803
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428	NC_017167	GCG	2	6	20300	20305	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384133803
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431	NC_017167	AAGC	2	8	20336	20343	50 %	0 %	25 %	25 %	384133803
432	NC_017167	GGC	2	6	20396	20401	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384133803
433	NC_017167	CAG	2	6	20418	20423	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384133803
434	NC_017167	CG	4	8	20446	20453	0 %	0 %	50 %	50 %	384133803
435	NC_017167	TGGG	2	8	20467	20474	0 %	25 %	75 %	0 %	384133803
436	NC_017167	GAG	2	6	20505	20510	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
437	NC_017167	GAC	2	6	20553	20558	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384133804
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440	NC_017167	GC	3	6	20724	20729	0 %	0 %	50 %	50 %	384133804
441	NC_017167	CCG	2	6	20745	20750	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384133804
442	NC_017167	AGG	2	6	20773	20778	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384133804
443	NC_017167	G	6	6	20980	20985	0 %	0 %	100 %	0 %	384133804
444	NC_017167	GCGT	2	8	21008	21015	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
445	NC_017167	GCG	2	6	21048	21053	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384133805
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491	NC_017167	AGC	2	6	22733	22738	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384133805
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495	NC_017167	CAA	2	6	23001	23006	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
496	NC_017167	CATG	2	8	23012	23019	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
497	NC_017167	AGG	2	6	23047	23052	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
498	NC_017167	GAG	2	6	23169	23174	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384133806
499	NC_017167	GGA	2	6	23257	23262	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
500	NC_017167	GT	4	8	23341	23348	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding

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